Het grootste, centraal gelegen eiland van Japan, Honshu, is een bergachtig gebied, nog steeds ten prooi aan vulkanische en seismische activiteit.  Er zijn grote klimaatverschillen tussen hoger en lager gelegen zones en tussen het westen, onder invloed van warme stromingen in de Japanse Zee, en het oosten, meer onderhevig aan de koude Chishima stroming van uit de Beringzee. Arboretumgroep 39 geeft een beeld van de bossen op Honshu, van zuid naar noord.  In de kuststroken van het warmere zuiden komen Japanse rode den en Japanse zwarte den veel voor. Op betere gronden staan loofbossen van eikensoorten, waaronder Japanse Keizereik, en Castanopsis en Sieboldbeuk, waaronder zich hogerop zilversparren en andere coniferen mengen.  Het coniferenbos van de gematigd warme bergzones kwamen we hierboven op de Fuji-berg al tegen.  In het gematigd koude woud van de oostelijke bergruggen en het subalpiene bos van de hoogste zones, krijgen spar en zilverspar, naast lork de overhand.  In de laatste zone komen ook enkele zeldzame endemische soorten voor : de Schijnlevensboom en de Koyamaspar, die in Subgroep 39C te vinden zijn.  Groep 39 heeft een overdaad aan Sikkelcipres en Japanse lork, een gevolg van vergelijkende proefaanplantingen die er ooit zijn ingericht, maar op zich ook niet onrealistisch omdat de actieve Japanse bosbouw veel van de oerbossen door plantages van deze soorten heeft vervangen. De bezoeker wordt aangeraden ook een kijkje te nemen aan de achterkant van de groep, langs de Kapucijnenvijverdreef, waar onder meer een vijftiental soorten esdoorns staan.