Japans größte, zentral gelegene Insel, Honshū, ist ein gebirgiges Gebiet, das noch immer von vulkanischen und seismischen Aktivitäten beeinflusst wird. Es gibt große klimatische Unterschiede zwischen höheren und niedrigeren Gebieten sowie zwischen dem Westen, der unter dem Einfluss der warmen Strömungen des Japanischen Meeres steht, und dem Osten, der stärker der kalten Chishima-Strömung aus dem Beringmeer ausgesetzt ist. Die Arboretum-Gruppe 39 gibt ein Bild der Wälder auf Honshū von Süden nach Norden. In den Küstenstreifen des wärmeren Südens sind Japanische Rot- und Japanische Schwarz-Kiefern verbreitet. Auf besseren Böden gibt es Laubwälder mit Eichenarten, darunter die Japanische Kaiser-Eiche, sowie Scheinkastanie und Kerb-Buche, unter die sich weiter oben Tannen und andere Koniferen mischen. Der Nadelwald der gemäßigt warmen Bergregionen ist uns bereits oben am Berg Fuji begegnet. In den gemäßigten Kaltwäldern der östlichen Bergrücken und den subalpinen Wäldern der höchsten Zonen überwiegen neben der Lärche Fichten und Tannen. In der letztgenannten Zone gibt es auch einige seltene endemische Arten: den Hiba-Lebensbaum und die Koyama-Fichte, die in der Untergruppe 39C zu finden sind. In Gruppe 39 gibt es einen Überfluss an Sicheltannen und Japanischer Lärche, ein Ergebnis von vergleichenden experimentellen Plantagen, die einst dort angelegt wurden – an sich jedoch nicht unrealistisch, da die aktive japanische Forstwirtschaft viele der Urwälder durch Plantagen dieser Arten ersetzt hat. Dem Besucher wird auch empfohlen, einen Blick auf die Rückseite der Gruppe zu werfen, entlang der Kapuziner-Teiche, wo etwa fünfzehn verschiedene Ahornarten stehen.
