La grande île centrale de Honshu est un territoire montagneux, toujours sous la menace de l’activité volcanique et sismique. Il y a d’importantes variations climatiques entre les zones de basse et haute altitude, et entre l’ouest, sous influence des courants chauds de la Mer du Japon, et l’est soumis au courant froid de Chisima venant tout droit de la Mer de Béring.  Le groupe 39 de l’arboretum reflète les forêts de Honshu en suivant un parcours du sud vers le nord.  Les pins rouges et pins noirs du Japon sont très présents sur les bandes côtières du sud au climat plus doux.  Les sols plus riches se couvrent de feuillus : des chênes de différentes espèces dont le chêne daimyo, de Castanopsis et de hêtres du Japon. Les sapins et d’autres conifères les rejoignent lorsque l’on prend de l’altitude. Nous avons déjà croisé la forêt de conifères des zones montagneuses tempérées chaudes dans le groupe 38 dédié au Mont Fuji. Dans les zones tempérées froides des crêtes orientales et dans les forêts subalpines proches des sommets, épicéas et sapins prennent le dessus, aux côtés des mélèzes. Dans la dernière partie apparaissent également quelques espèces endémiques rares comme le Hiba (Thujopsis) et l’épicéa de Koyama, que l’on peut retrouver dans le groupe 39C. Le groupe 39 compte une surabondance de cryptomérias et de mélèzes du Japon : résultat de plusieurs parcelles d’essais comparatifs tentés dans le passé.  C’est en soi le reflet d’une certaine réalité car l’intense sylviculture japonaise a souvent remplacé les forêts primaires par des plantations de ce type.  Nous conseillons aux visiteurs d’aller admirer la partie arrière du groupe, en empruntant la Kapucijnenvijverdreef (la drève de l’Etang des Capucins) où poussent entre autres une quinzaine d’espèces d’érables valant le détour.